随着修会组织规模的扩大，法兰西斯的鼓舞性精神毕竟不能掩盖其组织能力的欠缺，同时其精神鼓动性与修会发展二者之间存在的内在悖逆，迫使法兰西斯逐步让出了对修会的领导权力，以1219年他到埃及传道为标志，自此以后法兰西斯在修会组织发展方向上的影响力越来越小，而代之以洪诺留斯三世对教会的监管。教皇对修会会规进行了修改，修改后的会规与法兰西斯的初衷已相去甚远，这样，法兰西斯派最终成为一种为教会控制的宗教修道组织。而法兰西斯相传晚年由于在埃及感染上眼疾，更少与人交往而过上一种神秘的隐修生活，直到1226年去世时他仍对其理想化的使徒式生活抱有坚定的信念。以后法兰西斯会在波拿文都拉（Bonaven-tura）的改造之下，更多地脱离了修会守贫的本色，而逐渐使会规臻于合理，并与文化教育相联结。这种与智识阶层的联结致使修会带上了一些贵族的世俗烙印，最终不可避免地走向腐败，因而其影响也在13世纪末趋于式微。
与法兰西斯会相伴而生的是多米尼克修会。多米尼克修会得名于其创始人西班牙的多米尼克·德·古茨曼（Dominic de Guzman，1170—1221年），学术界也有人译成多明我会。根据多米尼克的姓名，有学者推断多米尼克出身于西班牙贵族。他幼时在帕伦西亚（Palencia）接受教育，后成为奥斯马修道院的法政牧师（Canon of Osma Cathedral）。当时宗教异端派别风起云涌，特别是法国南部的阿尔比派势力日益高涨。1203年，多米尼克与奥斯马主教迭亚哥（Diego）出使法国，第一次直接接触到阿尔比派的教义和组织。他们于1206年完成使命返回，途中遇到受罗马教廷之命反击阿尔比异端的息斯妥西安派的传教士，并亲眼看见了他们与异教派别的辩论。由于息斯妥西安派处于劣势，所以多米尼克和迭亚哥决定加入他们的行列，共同反对异端阿尔比派。在这过程中他逐渐萌发出通过建立修会组织来反对异端的观念。多米尼克与息斯妥西安派传教士们的谈话已经初步显现出以后修会精神的雏形。据多米尼克传记作家彼得（Peter Ferrandus）记载：迭亚哥和多米尼克指出息斯妥西安教士反对异教的努力之所以收效甚微，根本原因在于他们经院式的古板传教方式以及大批随从式的奢华传道。他们认为只有对隐修生活的践履者才可能真正实现对福音的理解与传播，这样就要求传教士抛弃财产，依靠乞讨来达到与异教抗衡的目的。自此以后，对贫困生活方式的追求成为多米尼克会的主要标志，这也成为该修会反异端目的得以实现的主要手段与途径。此后，他们返回西班牙继续进行反异端的斗争，不久迭亚哥去世，多米尼克成为领导反异端的主要组织者。