为什么会形成这样两种不同政权的长期并存呢？究其原因大致有三：第一，皇室在经济上、政治上都还有相当大的势力，经济上皇室领地长期保存，政治上皇族成员、中央贵族、佛教寺院结为一体，实力雄厚，而从中央到地方的一套行政机构仍在起作用。这就使得新兴的幕府不但不能取代皇室，而且表面上还得依靠皇室这个权威来扩张自己的势力。第二，幕府的势力内部矛盾也很多。它和皇室有矛盾的一面，也有相互利用的一面，这就形成在发展过程中幕府与皇室有时冲突，有时妥协的局面。1185年（文治元年）11月28日，源赖朝采纳大江广元的建议，即派北条时政去京都，向院政要求设置守护、地头；第二天就得到院厅批准。此后，源赖朝又提出要朝廷驱逐反镰仓派的公卿贵族，用亲镰仓派者任朝廷的“议奏”，以图控制朝廷政务。这也得到院政同意，但在实施中并不顺利，如地头制就遭到贵族、寺社庄园领主的抵制。源赖朝迫于形势也妥协让步，同意对地头制加以限制，1186年（文治二年）6月，停止在权门势家庄园内设置地头；后又进一步退让，同年11月规定除现在叛谋者的庄园外，一律停止设置地头职。这个限制使源赖朝控制的地区缩小到仅以镰仓为中心的东部地区。第三，武士将领为防止部下谋叛，经常向部下灌输效忠皇室的观念，利用皇室的传统权威来控制部下。源赖朝曾在背后斥骂后白河天皇是“日本最大的大天狗”，但表面上却对皇室表示虔诚，要“简以忠贞奉公，继家业守朝家”， “天下落居之后，万事当仰君王裁定”。这样他就更不能推翻天皇，而只能借助天皇号令天下了。