洛克菲勒在商业上获得巨大成功的同时，对于慈善事业也作出了极大的贡献，成为了全美所有巨富们的榜样。如他在赚到第一个100万美元的时候，就将其中的1/10捐给了当地的教会。后来，随着财富的激增，他所捐赠的款额也在不断地增加。除了教会之外，教育、公共健康、科技和艺术等事业，都成为了其捐助的主要对象。
尤其是对大学教育的捐助，洛克菲勒投入得最多。如由其投资组建的芝加哥大学，在刚开始的时候，他就捐赠了60多万美元。而在接下来的20年中，他每年都会捐赠一笔资金以供芝加哥大学的建设工作，并且逐年增加。到了1910年，他对芝加哥大学捐赠的资金总额更是达到了惊人的3500万美元。此外，像哈佛大学、耶鲁大学、康奈尔大学、约翰斯·霍普金斯大学、瓦萨大学、丹尼森大学、印第安大学、巴纳德学院、罗切斯特神学院等都得到过洛克菲勒的捐助。因此，当时的洛克菲勒除了“石油大王”的称号以外，还有着“教育巨头”的称号。当有人问他为什么如此热衷于对教育事业投入时，他的回答很简单，在他看来，每个人只有得到了平等的教育机会，才能够在社会上参与到竞争和发展中去。