初,延平开府思明,军国大事,一日万几。分所部为七十二镇,令六官理国务,一时人才荟萃,庶绩咸熙。凡所便宜封拜,辄朝服北向,望永历帝座疏而焚之。克台之岁,改台湾为东都,置承天府,以杨朝栋为府尹,祝敬为天兴知县,庄之列为万年知县,设安抚司于澎湖,是为地方之制。又以周全斌总督承天府南北诸路,任官抚番,分管社事。纲纪振饬,制度修明,泱泱乎大国之风也。延平立法严,而爱民如子,劝之以忠,励之以勇,使之以义,绥之以和。闽、粤之民,闻风而至,拓地远及两鄙,台湾之人,以是大集。永历十六年,子经立。十八年,以谘议参军陈永华为勇卫,军国大事悉任之。永华为政儒雅,与民休息,改东都为东宁,天兴、万年为二州。二十年,圣庙成。三月,以永华为学院,叶亨为国子助教,教之、养之,台人自是始兴学。三十四年,永华卒。翌年,经薨,克塽幼,不能治国,以至于亡。
康熙二十二年,清人得台湾,议弃其地。靖海将军施琅疏陈不可,乃设府一、县三,隶福建。六十年,以朱一贵之变,特命巡视台湾满、汉御史各一员,监察行政。时漳浦蓝鼎元从军在台,以北路地方辽阔,治理失宜,议于半线增建一县,其言甚切。雍正元年,乃划虎尾溪以北,设彰化县及淡防同知,领地至蛤仔难,而垦者亦日至焉。当是时,土地初辟,横绝大海,往来多险,仕宦惮之。康熙三十年,诏曰:“台湾各官,自道员以下,教职以上,俱照广西南宁等府之例,将品级相当现任官员内拣选调补,三年俸满即升。如无品级相当堪调之员,仍归部选。著为令。”雍正七年,议准台湾道、府、同知、通判、知县到任二年,令该督抚于闽省内地拣选贤能之员,乘北风之时,令其到台,与旧员协办。半年之后,令旧员乘夏月南风之便,回至内地补用。政绩优著者准加级,称职者准加一级,以示鼓励。十二年,总督郝玉麟奏准,调台官员,年逾四十无子,准其挈眷赴任。